Kubins künstlerisches Schaffen ist von einer relativ großen Bandbreite von Faktoren geprägt: künstlerische Vorbilder, persönliche Erlebnisse und Eindrücke, Träume und Stilrichtungen.
Mit den Werken anderer Künstler setzte sich Kubin sehr gründlich auseinander, wovon die eigene Kunstsammlung, die umfangreiche Bibliothek und die Kontakte und Freundschaften mit diversen Künstlern zeugen. Von den Werken der Künstler, die ihm im Wesen ähnlich waren, holte er sich Anregungen zum eigenständigen Schaffen, wie auch aus seiner Selbstbiographie hervorgeht: "Ich verfertigte ganze Reihen von Tuschzeichnungen, lernte das gesamte zeichnerische Werk von Klinger, Goya, de Groux, Rops, Munch, Ensor, Redon und ähnlicher Künstler kennen, die abwechselnd meine Lieblinge waren und mich hin und wieder, wenn auch unbewusst beeinflussten." Kubin griff dabei einzelne Elemente heraus, verband sie mit den eigenen Bildvorstellungen und integrierte sie in sein Schaffen. Sein spezielles Interesse galt dabei den starken emotionalen Detaileffekten und den bildhaften Grenzüberschreitungen. Er war sich des komplexen Gewebes von Beziehungen in seinen Bildern durchaus bewusst.

Vater der modernen, psychologisierenden Zeichnung
In seinem Frühwerk von 1899 bis 1904 merkt man den Einfluss von Vertretern der phantastischen und symbolischen Kunst wie Max Klinger, Felicien Rops oder Odilon Redon. Vor allem der Anblick der graphischen Werke Klingers führte bei Kubin zu den phantastischen Visionen seines Frühwerks. Sehr deutlich sind im Hinblick darauf auch die Bezüge zu dem belgischen Expressionisten James Ensor, der für seine phantastischen und makabren Motive wie Skelette und Teufel bekannt ist. Die Werke des französischen Lithographen Odilon Redon, eines Vorläufers der Surrealisten, sind von symbolistischen Visionen durchdrungen, die auch für Kubin typisch sind. Ähnlich wie bei Edvard Munch, einem Vertreter des expressiven Symbolismus, wird bei Kubin das Seelische thematisiert, wenn wir an Bilder wie "Angst" oder "Melancholie" denken. Daher wird Kubin von manchen auch als Vater der modernen, psychologisierenden Zeichnung angesehen.
Ernst Jünger, ein enger Freund Kubins, schreibt in einem Brief an ihn: " Unter diesem ganzen Gewirr an Stilisten, die so wenig zu sagen haben, sind Sie doch der einzige, der wirklich die seelische Substanz der Dinge zu erreichen weiß."Die Offenheit in erotischen Themen lässt einen klaren Bezug zu dem Belgier Felicien Rops erkennen. Bei der Betrachtung der Gemälde Pieter Briughels des Älteren im Wiener Hofmuseum war Kubin so von den vielfigurigen Szenen und Darstellungen des Elementar-Visionären beeindruckt, dass sie auch in seinen Bildern Spuren hinterließen, wie z.B. "Tiergeist und Blumenelf". Auf Audrey Breadsley, der ein großes Vorbild für die Münchner Jugendstilkünstler war, geht die Kunst der eleganten Linienführung, die man in einigen seiner Bilder ab 1902 beobachten kann, zurück. Die weich ineinanderfließenden Hell-Dunkel Töne in den Bildern aus Kubins Münchner Zeit reflektieren die Aquatinta-Technik der Radierungen Goyas und Klingers. Vieles entnahm er aber auch den unbekannten Künstlern der populären Graphik des 19. Jahrhunderts, wie er in seiner Autobiographie schreibt: "Bei mir waren es die mittleren, die kleinen, oft ganz unbekannten Künstler, deren Arbeiten ich am meisten verdanke. Ein Rembrandt, ein Dürer erheben durch die unbegreifliche Vollendung, entmutigen aber auch in Bezug auf das eigene Schaffen. Die zahllosen Blätter kaum bekannter Stecher, Lithographen und Illustratoren hingegen machten mich oft aufmerksam auf die ungeheure Menge der Probleme dieser ganz abstrakten Schwarzweißkünste." In seiner reichhaltigen Sammlung befinden sich zahlreiche Graphiken des 16. Jahrhunderts, aber auch Graphiken von japanischen und chinesischen Künstlern.

Persönliche Erlebnisse und Eindrücke
Persönliche Erlebnisse und Eindrücke in der Kindheit und Jugend wie der Tod der eigenen Mutter und die Rauf- und Mordszenen, die er unmittelbar miterlebte, schlagen sich in seinen Bildern ebenso nieder wie Beobachtungen der Natur. Im späteren Leben berührten ihn die Erlebnisse am meisten, die Ähnlichkeit mit Vergangenem aufwiesen. Ein wichtige Rolle spielen bei ihm seinen eigenen Aussagen zufolge auch die Motive, die er in Märchen-, Bilderbüchern und illustrierten Zeitschriften fand.

Träume
In manchen der Bilder versuchte Kubin seine Träume festzuhalten ("Traumerscheinung", Traumgestalt"). Dabei setzte er die Bruchstücke der Träume, die ihm nach dem Erwachen noch in Erinnerung geblieben waren, wieder zu einem Bild zusammen. Träume sind, so sagt Kubin selbst, in ihrer Struktur den Bildvorstellungen oft stark verwandt. Der Traum hatte für ihn eine symbolische Kraft, die keiner psychologischen Analyse bedarf, da er die unmittelbare schöpferische Vision für stärker hielt als deren Analyse.

Künstlerische Strömungen
Kubins Werke können keiner künstlerischen Strömung eindeutig zugeordnet werden. Vorwiegend sind sie expressionistisch ausgerichtet. Ein typisches formales Merkmal des Expressionismus ist die starke Betonung der Frontalität, wobei die Perspektive in den Hintergrund gedrängt wird. Mit Hilfe von figurativen Symbolen wird den Gefühlen und seelischen Stimmungen ein kräftiger Ausdruck verliehen. Den Expressionisten geht es prinzipiell darum, die transmaterielle Dimension aufzuzeigen, die innere Natur und die hinter den Dingen herrschenden Gesetzmäßigkeiten sichtbar werden zu lassen. Es finden sich in einigen von Kubins Werken auch surrealistische Tendenzen.